Cậu học sinh Taiju nói với người bạn yêu khoa học Senku của mình rằng cậu sắp tỏ tình với Yuzuriha, người mà cậu đã thầm yêu trong 5 năm. Gặp nhau dưới gốc cây long não trên sân trường, ngay khi Taiju chuẩn bị tỏ tình, một ánh sáng màu xanh rực rỡ xuất hiện trên bầu trời. Taiju đã đẩy Yuzuriha về phía cái cây để bảo vệ cô, nhưng thứ ánh sáng đó đi xuyên qua tất cả mọi mọi vật và làm hóa đá toàn thể con người trên trái đất, và mỗi con người trên Trái đất đều bị hoá đá. Hầu hết con người bắt đầu mất dần ý thức trong khi tất cả các dấu vết của nền văn minh bắt đầu suy tàn, nhưng Taiju vẫn giữ được ý thức trong khi thời gian trôi qua nhờ vào động lực muốn giải thoát cả mình và Yuzuriha. Cuối cùng, Taiju thoát khỏi tình trạng hóa đá và tìm thấy một thông điệp được khắc trên cây, thứ giúp cậu phát hiện ra rằng Senku cũng đã thoát khỏi tình trạng hóa đá. Senku đã giữ cho ý thức của mình tồn tại bằng cách đếm xem cậu đã bị hóa đá trong bao lâu. Do đó, Senku biết rằng ngày này là ngày 5 tháng 10 năm 5738.[2]

Cùng nhau, Taiju và Senku bắt đầu xây dựng lại nền văn minh bằng các kiến ​​thức khoa học của Senku. Họ tạo ra nital; một dung môi ăn mòn phá hủy lớp vỏ đá trên người. Lúc đầu, họ dự định giải thoát Yuzuriha, nhưng khi cả hai bị những con sư tử trốn thoát khỏi sở thú và sinh sôi ở Nhật Bản trong nhiều thế kỷ tấn công, họ đã giải thoát một người mà Taiju nhận ra là Shishio Tsukasa, "Học sinh trung học khỏe nhất". Tsukasa sử dụng sức mạnh của mình để giết những con sư tử. Sau đó, họ tạo ra nhiều nital hơn để giải thoát Yuzuriha, nhưng Senku phát hiện ra rằng khi Tsukasa còn nhỏ, cậu ta đã bị một người lớn đánh đập dã man khi đang thu thập vỏ sò cho người em gái đang trải qua một cuộc phẫu thuật; do người đàn ông tin rằng anh ta có quyền đánh cá tại khu vực Tsukasa đã ăn cắp vỏ sò. Điều đó đã khiến Tsukasa có suy nghĩ rằng chỉ những "người có trái tim trẻ trung thuần khiết" nên được hồi sinh, do đó Tsukasa bắt đầu tiêu diệt những người lớn bị hóa đá. Từ đấy hình thành nên hai phe đối địch nhau: Vương quốc Khoa học của Senku và Đế chế của Tsukasa.[2]